в финале разум главного героя капитана Колтера Стивенса остался в теле Шона Фентресса (друга симпотичной девушки Кристины), тем самым вытеснив его из собственного тела и продолжив жить его жизнью, притворяясь им.

остался главный герой, появился из виртуального восьмиминутного мира благодаря тому, что главный герой не вышел из него, при содействии капитана Гудвин. Т.е. Колтер Стивенс был инициатором и одним из создателей нового паралельного мира, наряду со всеми, кто создал и проводил эксперимент "Исходный код". А Шона Фентресса изначально не было в новом паралельном мире, созданном в момент появления Колтера Стивенса в поезде. Шон Фентресс погиб ещё до этого в изначальном мире. А Колтер Стивенс создал новое тело - копию тела Шона Фентресса, со всей его биографией. Т.е. он не вытеснял Шона из его тела, а создал новое для себя. Реальное тело Шона осталось в изначальном мире. А душа Шона куда-то переместилась, когда тело его погибло в изначальном мире, но не в новый паралельный мир. Так же остались тела и души всех людей изначального мира в изначальном мире, а в новом паралельном мире появились копии их тел, которые заняли другие души, т.е. образовался другой мир, который будет жить и развиватьсчя независимо от изначального мира, в соответствии с законами мироздания. Возможно, этот новый паралельный мир, также создаст следующий новый паралельный мир и так далее.