Ох, как-то вы не внимательно смотрели и слушали. Пришельцы создали "чужих" в качестве оружия. А людей по своему подобию - в качестве подопытных кроликов. Вот они подождали "немножко", пока мы расплодимся по всей планете и повезли "чужих" проводить опыты. А именно - проверять эффективность созданного ими оружия, а не "бомбить другими технологиями"
Инопланетяне уничтожены не все, а только те, которые были на этом корабле. Планета эта не была их родной, они просто потерпели на ней крушение (к счастью для Земли). А вот девушка, которая осталась жива, если я правильно помню концовку, как раз и отправилась дальше на поиски планеты "прародителей". Лично для меня и тех, кто со мной вместе смотрели этот фильм, всё конкретно, ясно и понятно. И не возникло никаких дополнительных вопросов.