В академии Камомэ ходит легенда о семи школьных тайнах. Одной из таких тайн является существование Ханако. Говорят, что на третьем этаже старого школьного здания есть женский туалет, в котором появляется Ханако, которая может исполнить любое твоё желание. Нэнэ Ясиро — ученица Камомэ, интересующаяся всем потусторонним и сверхъестественным, — решает проверить правдивость слухов и отправляется в ту самую туалетную комнату. Нэнэ вызывает Ханако, и та действительно приходит на её зов, вот только Ханако совсем не такая, какой воображала её Нэнэ. Ведь Ханако, обитающая в женском туалете, — на самом деле мальчик!

15 июля 2043 года в продажу поступила игра с полным погружением — «Infinite Dendrogram». Уникальная система «Embryo» позволяла её игрокам следовать по всевозможному, нет, по бесконечному количеству паттернов развития. До сих пор осуществление подобного считалось технически невозможным у VRMMO, поэтому появление «Infinite Dendrogram» стало событием мирового значения.

Имеющий двух девушек-кошек Касё Минадзуки решает уехать в большой город и построить там свою кондитерскую фабрику, таким образом исполнив свою мечту. Но обе кошечки начинают скучать, они хотят к своему хозяину к которому они привыкли. Видя все это, его сестра не может никак утешить девочек и поэтому она решает отправить кошечек к нему, чтобы они не скучали по своему хозяину и няшки всегда были рядом с ним. Но Касё явно не рад их прибытию, так как несмотря на то, что он много думал о них и хотел заняться с ними сексом. Однако теперь он весь в работе и сексуальные киски отвлекают его от нее. Но теперь ему придется стараться сочетать работу и свои сексуальные приключения с двумя няшками, которые не желают, чтобы их хозяин уделял все свое время только работе и работал сутками над своим бизнесом. Главный герой постарается найти баланс между работой и кисками, ведь отказаться от своей мечты и двух сексапильных няшек он не может.

В постапокалиптическом мире будущего главными оказываются «числа», отпечатанные на теле каждого человека. Это «число» уникально для человека и означает количество чего-то в твоей жизни. Это может быть пройденное тобою расстояние или количество комплиментов, которые тебе скажут, или что угодно. «Число» может изменяться, стать больше или меньше, и человек может повлиять на это. Однако если «число» достигнет нуля, то человека затянет пучина. Как раз это произошло с матерью главной героини. Будучи наполовину затянутой в пучину, мать поручила Хине отыскать некого Красного Барона — легендарного героя прошлого. В своих поисках Хина, прежде живущая с матерью в горах, узнаёт больше о природе и законах «чисел», и встречает много новых хороших, плохих, а иногда просто странных людей, как например, Лихта Баха.