Это сериал о четырех черепашках ниндзя, которые после мутации стали превосходно обученными борцами за справедливость. История начинается с того, как господин Чанг — старый мудрый друг черепашек, хочет остановить ужаснейше злого Лорда Дракона. И планирует сделать это с помощью невероятной силы черепашек ниндзя. Но неожиданно для всех Господин Чанг смертельно заболевает и просит свою дочь Винес собрать вместе черепашек борцов, чтобы восстать против врага, спасти их друга Сплинтера и все человечество в целом.

Ученый Уэйн Залински изобрел электромагнитную машину, способную уменьшать предметы. Когда чудо техники наконец заработало, под воздействием уменьшающего поля оказались одушевленные предметы — дети изобретателя, дочь Эми и сын Ник. Они уменьшились до микроскопических размеров и были попросту выброшены ничего не подозревающим отцом в мусор. Лилипутам предстояло самостоятельно вернуть себе нормальные габариты, пока их не затоптали тараканы, и вернуться домой, чтобы обнять заботливого папочку… Залински продали свой дом и готовятся к переезду на новое место. Уэйн Залински уменьшает мебель с помощью электромагнитной машины, чтобы облегчить переезд. Во время поездки уменьшающий луч неожиданно активируется из-за резкого торможения машины. Под действия луча попадают Уэйн, его дочь Эми, жена Дайен, и вся машина. Дедушка по ошибке заглатывает уменьшенных родственников вместо лекарства и запивает водичкой… Сын Уэйеа, Ник, должен найти пропавших родителей и сестру, но он понятия не имеет, где их искать…