Научные достижения позволили человеку досконально изучить генный уровень и научиться его доводить до совершенства. У тех, на ком ставили опыты, появлялись на свет умные дети, обладающие высокими физическими показателями, более сильные, ловкие. Но у других людей они начали вызывать зависть, ведь общество не терпит, когда кто –то отличается от большинства. Между людьми с усовершенствованными генами – Координаторами и Натуралами – обычными людьми, которых генами наделила сама природа, начинается противостояние. Юноша Кира Ямато оказался вовлеченным в эту войну, он пытается спасти себя и своих приятелей, он не занимает ничьей стороны, он намерен помочь выжить тем, кого любит и ценит, и ему все равно будь тот человек Координатор, или же Натурал. Противостояние кажется ему совершенно не нужным, а жертвы бессмысленными, и Кира намерен положить конец этой войне…

Действие аниме происходит в мире весьма похожем на средневековую феодальную Японию. На территории страны в тайных местах скрыто несколько соперничающих школ-деревень, где готовят ниндзя/синоби. Главный герой - колоритный и зажигательный парень по имени Наруто Узумаки (Naruto Uzumaki). Он живет в одной из таких деревень. Когда он был маленьким, на деревню напал могучий демон - девятихвостый лис. Демона сумели победить, но его силу пришлось запечатать в ребенке, в Наруто. С тех пор между Наруто, чьи родители погибли во время схватки, и остальными жителями деревни пролегла тень отчуждения и страха. Его стали бояться и избегать, и только несколько человек относятся к нему хорошо. Разумеется Наруто не устраивает такое положение дел. С этого и начинается его путь, путь ниндзя, желающего стать сильнейшим из всех Хокаге (лучших ниндзя деревни) и тем самым добиться всеобщего признания.....