В мире Наруто незаметно пролетели два года. Бывшие новички пополнили ряды опытных синоби в ранге тюнин и дзёнин. Главные герои не сидели на месте – каждый стал учеником одного из легендарных Саннин – трех великих ниндзя Конохи. Парень в оранжевом продолжил обучение у мудрого, но эксцентричного Дзирайи, постепенно восходя на новую ступень боевого мастерства. Сакура выдвинулась в помощницы и доверенные лица целительницы Цунадэ – нового вождя Деревни Листвы. Ну а Саскэ, чья гордыня привела к изгнанию из Конохи, вступил во временный союз со зловещим Оротимару, причем каждый считает, что лишь использует другого до поры до времени.

Япония, вторая половина XIX века. Только что закончилась Гражданская война, в которой проимперская партия победила сторонников сёгуна. Постепенно начинается переход жизни страны на западный лад. Молодой воин Кэнсин Химура по верой и правдой служил императору, но ему надоело убивать, и он покинул государственную службу. Теперь он носит меч с заточкой на обратной стороне клинка и живет в школе Каору Камии — девушки-преподавателя боевых искусств. Но тени прошедшей войны не оставляют Кэнсина в покое.

Третий сезон продолжает основную сюжетную линию фильма. «Мифрил» делает своё обычное дело, противодействует террору и экстремизму, помогает гасить локальные конфликты. Похоже, Тидори Канаме уже ничего не угрожает, и командование чем дальше, тем больше задаётся вопросом: какой смысл держать возле девушки Сагару, который нужен для боевой работы и испытаний «Арбалеста»? Главные герои тем временем заканчивают школу. Сагара впервые задумывается: что же он будет делать дальше? Каким он хочет видеть своё будущее?

Вооружённый до зубов и готовый ко всему сержант Сосукэ Сагара возвращается в школу под видом обычного ученика, чтобы защитить Канамэ Тидори от любой угрозы. Однако отсутствие у Сосукэ банальных социальных навыков общения и реального жизненного опыта приводит к непредсказуемым ситуациям, что превращает мирную школьную жизнь Канамэ в сущий кошмар.