Жан Кунен родился 2 мая 1964 года в нидерландском городе Утрехт.

Получил художественное образование, учился снимать кино и делать анимацию в институте декоративных искусств во Франции (г. Ницца). В 1988 году Жан Кунен снял короткометражные фильмы 8 мм (Soft) и 16 мм (Yellow Death — the Broadword), а также анимационную ленту для голландского телевидения, его работы получили награду — национальный диплом за высокую выразительность. После окончания учёбы работал ассистентом оператора, режиссёром видеоклипов и документальных фильмов, а также оператором в имиджевом агентстве.

Короткометражный фильм Жана Кунена «Жизель Керосин» («Gisele Kerozene»)(1989) получил Гран При (Prix du Court-Métrage) на фестивале в городе Авориаз.

В 1990 году Кунен много работает, часто сразу над несколькими проектами. Снимает рекламу во Франции, Германии, Англии для известных мировых брендов, таких как Нестле, Пежо,Адидас, Кока-кола, Тойота, Танг, Гордонс Джин, Мико и др. Снимает музыкальное видео для Эльмер Фут Бит, Паулин Истер. Особенно заметными стали его работы для поп-группы из Англии Erasure по мотивам песенного творчества ансамбля АББА (Voulez-vous, Lay all your love on me, S.O.S., Always).

Вместе с Карло Баутини в 1991 году Жан Кунен написал сценарий фильма «Вибробой» («Vibroboy») и в 1993 году поставил его. На фестивале в Клермон-Ферране он был удостоен приза за необычный видеоряд. Следующей работой режиссёра стал фильм «Капитан Икс» («Capitaine X»), он был незакончен, и сразу же за ним последовал короткометражный музыкальный фильм «Последняя Красная Шапочка» («Le Dernier Chaperon rouge») с выдающейся хореографией Филиппа Декуфле, прекрасными костюмами и декорациями, главную роль в котором сыграла Эммануэль Беар.

В 1995 году Жан снял свою первую полнометражную, противоречивую картину, криминальный боевик «Доберман», в котором главную роль (преступника, получившего при крещении свой первый пистолет) сыграл Венсан Кассель, а его глухонемую подружку — Моника Беллуччи.

Во время подготовки к съемкам своего фильма-вестерна «Блуберри», проходившей в Перу и Мексике, Жан Кунен много времени посвятил изучению шаманизма и культуры племен Шипибо-Конибо, практически влюбившись в неё. Он провел там несколько месяцев, в результате чего на свет появился его документальный фильм «Другие миры» («D’autres mondes», 2004). Сама же картина «Блуберри», то есть второй полнометражный игровой фильма Жана Кунена, вышел на экраны во Франции в феврале 2004.

На, пожалуй, наибольшую славу режиссёру принесла одноимённая экранизация скандально известного романа Фредерика Бегбедера «99 франков», разоблачающая методы манипулирования людьми представителями индустрии рекламы. Девизом Кунена в этом фильма стало изречение — «То, что ты не в состоЖании изменить, надо хотя бы описать», что он в данном фильме азартно и талантливо, с использованием профессионального опыта, делает. Хотя в некоторых моментах его выносит далеко за пределы рамок кино, туда где начинается эпатаж…любой ценой — чтобы продать и получить максимум денег за свой продукт, словно он и есть тот самый ненавистный его герою Октаву Паранго йогурт СтарЛайт. Странное название этого фильма-йогурта и положенного в его основу романа «99 франков» — просто-напросто продажная цена книги во французских магазинах. Талантливо, но чудовищно раскрепощенно, сыграл в фильме «99 франков» главную роль рекламщика, сначала пластилиново очаровательного, а затем взбунтовавшегося, французский «чаровник» Жан Дюжарден.

В 2008 году Жан Кунен был приглашен для работы в совместном проекте — фильм «8», состоящий из 8 киноновелл разных режиссёров. Каждая из них показывает точку зрения известного киномастера на одну из глобальных мировых проблем (по списку ООН). Фильм Кунена носит название «История Паншин Бека» и посвящен проблемам материнского здоровья.

Зрителям кинофестиваля в Каннах 2009 на сладкое была предложена новая лента Жана Кунена «Коко Шанель и Игорь Стравинский» (Анна Муглалис и Мэдс Миккельсен в главных ролях Коко и Игоря), посвященная любви великого модельера Коко и русского музыканта, в результате которой родилась… композиция духов, приобретшая на долгое годы мировую славу — Шанель № 5. В октябре на фестивале кино в Цюрихе, в знак поддержки режиссёра Романа Полански, Жан Кунен отозвал свою картину, которая должна была закрывать кинопраздник.