События происходят по прошествии двух лет со дня окончания воины между EAF (натуралами) и PLANT (координаторами). Итак, между ними установился шаткий мир. Но недовольные этим миром есть как с одной, так и с другой стороны. Группа таких «недовольных» координаторов приводит в движение разрушенную колонию Юниус 7 и направляет ее прямиком на Землю. Падение ее вызовет уничтожение практически всех жителей Земли. С большим трудом падающая колония была взорвана силами ZAFT, но осколки наносят большой урон поверхности Земли. Это вызывает взрыв ненависти «натуралов» к «координаторам», и при поддержке «Синего космоса» конфликт вновь разгорается… И на протяжении 50 серий герои вновь берутся за оружие, чтобы защитить тот мир, который им дорог.

Научные достижения позволили человеку досконально изучить генный уровень и научиться его доводить до совершенства. У тех, на ком ставили опыты, появлялись на свет умные дети, обладающие высокими физическими показателями, более сильные, ловкие. Но у других людей они начали вызывать зависть, ведь общество не терпит, когда кто –то отличается от большинства. Между людьми с усовершенствованными генами – Координаторами и Натуралами – обычными людьми, которых генами наделила сама природа, начинается противостояние. Юноша Кира Ямато оказался вовлеченным в эту войну, он пытается спасти себя и своих приятелей, он не занимает ничьей стороны, он намерен помочь выжить тем, кого любит и ценит, и ему все равно будь тот человек Координатор, или же Натурал. Противостояние кажется ему совершенно не нужным, а жертвы бессмысленными, и Кира намерен положить конец этой войне…