Страшная катастрофа уничтожила мир, и только город-крепость Токио, защищенный мощным силовым полем, остался последним осколком человечества. Так считает 17-летний Аято Камино, токийский школьник, ведущий, как он считает, нормальную жизнь. Жизнь эта кончается вместе с прорывом силового поля и налетом странных истребителей, которым противостоят еще более странные боевые машины. В наступившей суматохе Аято сталкивается с молодой женщиной Харукой Сито, к которой сразу чувствует странное притяжение… Вот так судьба в образе Харуки приводит Аято к богоподобному существу по имени Ра-Зефон, таинственному гиганту, которого можно назвать роботом, а можно – инструментом настройки Вселенной. С его помощью Камино, как цыпленок, вылупляется из скорлупы незнания и начинает искать свое истинное место в мире.

Старшеклассница Канамэ Тидори оказывается в эпицентре невероятных приключений! За девушкой ведет охоту террористическая организация, чьи руководители убеждены, что Тидори обладает уникальными сверхъестественными способностями. На защиту школьницы встает секретная военизированная организация МИФРИЛ и ее агент Сагара Сосуке. Сможет ли он защищать Тидори так, чтобы та не узнала всю правду - или доведет ее до белого каления, притворяясь помешанным на войне одноклассником?