Аомори, Япония. В месте, славящемся своей прекрасной природой, начинают происходить поистине странные вещи. Пятнадцатилетняя Макото Ковата – профессиональная ведьма. Вместе со своим чёрным котом, Чито, она уехала из Йокогамы к родственникам в Аомори, где должны начаться её ведьминские учения. И пускай её способности пока ограничиваются одним лишь полётом, она, вместе со своими двоюродными братьями, Кеем и Чинатсу, проживают каждый свой день на полную.

В будущем свое место среди достижений инновационных технологий займет недоработанная система «Кизуна» (яп. 絆 — «связь»). Смысл ее в том, что, если человек, в которого вживлен «Кизуна»-чип, получает ранение, другие люди с такими же чипами оказываются ранены идентичным образом. В буквальном смысле связывая людей через раны, создатели системы хотят достичь мира во всем мире. Людей-обладателей чипа «Кизуна» называют кизнайверами. События аниме развиваются в вымышленном японском городе Сугомори-Сити. Город этот непростой, а возведенный на мелиорированных землях, и население которого стремительно сокращается. Недавно переведенная в новую школу Норико Сонозаки сообщает своему однокласснику, Кацухире Агате, что планы на его летние каникулы немного подкорректировали — он избран в качестве кизнайвера. С этих пор юноша будет связан с одноклассниками-кизнайверами. Но есть одна проблема: все они ведут непредсказуемый образ жизни, что в корне не устраивает нелюдимого Кацухиру.

Две абсолютно непохожие личности: Танака, способный спать 24 часа в сутки, и Оота, отличающийся от остальных своей активностью и ответственностью. Такие люди должны бесить друг друга, но, не смотря на это, они друзья. До чего доведет эта дружба? Посмотрим...

Когда мир находится на пике индустриальной революции, внезапно появляется чудовище. Его можно победить, только пронзив сердце, скрытое под слоем железа. От одного его укуса люди заражаются и становятся агрессивной нежитью — кабанэ. На дальневосточном острове Хиномото ради защиты от этих монстров люди построили специальные станции, между которыми передвигаются с помощью парового локомотива Хаяджиро. На станции Араганэ живёт Икома, мальчик, который помогал строить локомотив. Чтобы победить монстров, он создал собственное оружие — Цуранукизуцу. Однажды он встречает девушку, Мумэй, освобождённую от обязательной инспекции. Ночью они видят, что Хаяджиро вышел из-под контроля, его персонал стал монстрами, а кабанэ нападают на станцию. Однако именно такой возможности Икома и ждал.