Чтобы выполнить свою миссию Избранного, Нео необходимо встретиться с Архитектором, с тем, кто создал Матрицу, но найти путь к Архитектору очень непросто. Тем временем агент Смит нашел возможность самопроизвольного копирования, и теперь Смит готов сразиться с Нео не в одиночку – Нео придется сражаться с целой армией агентов Смитов. Машины все продолжают искать способы попасть в город людей – Зеон, охотники рыщут повсюду. Нео остается последней надеждой человечества, если он не справится, мир людей перестанет существовать.

Клэр – фотожурналистка из Австралии. Однажды она отправилась в отпуск в Берлин и там познакомилась с симпатичным молодым человеком. Он был очень притягательным и интересным, и они мгновенно нашли общий язык. Целый день они гуляли по берлинским улицам, а затем провели вместе страстную ночь. Все складывалось настолько чудесно, что казалось, с этого момента между ними должен завязаться долгий и прекрасный роман, но это не так… Проснувшись утром, Клэр обнаружила, что Энди нет дома. Он ушел на работу и запер девушку в квартире. И он не забыл оставить ей ключ, он просто сделал ее своей пленницей и не собирается отпускать. Никогда.

Мелкий служащий одной американской компании Томас Андерсон узнает, что наш мир, все, что есть вокруг, всего лишь порождение компьютерной программы – Матрица. На самом же деле на Земле уже давно правят машины, которые выращивают людей на специальных плантациях и используют в качестве источников энергии. Но если и люди, которые противостоят Машинам, они живут в единственном городе людей, до которого Машины еще не смогли добраться, и периодически входят в Матрицу. Томас Андерсон получает новое имя – Нео, узнает, что он избранный и именно ему предстоит разрушить Матрицу, чтобы освободить людей от власти Машин.