Однажды, в доме семьи из шести человек ночью случился пожар. Спасая детей, отец погиб в огне, а мать впала в кому. И, так как дети остались совсем одни, ответственность за них взял на себя старый друг их отца, работающий на стройке. Но на самом деле, он не очень-то представляет как вообще с детьми общаться.

Много тысяч лет назад сражались Чёрный Бог и Белый Бог. Последний проиграл и не желая отдавать свою силу врагу, послал её сквозь время в наши дни, решив даровать её людям, чтобы они могли победить в будущем Чёрного Бога. Сила Белого Бога поделилась между большой группой людей на пароме, попавшем в шторм. Обладателем главной доли сил оказался парень, потерявший во время крушения парома память - Шоичи Тсугами, который может теперь превращаться в Камен Райдера Агито. Одновременно Чёрный Бог начинает посылать эмиссаров - монстров Неизвестных, чтобы убить всех, кто носит в себе частицу силы Белого Бога. Полиция использует для борьбы с Неизвестными супер-костюм, который был назван Камен Райдер G-3. Ещё один носитель силы Белого Бога вскоре становится Камен Райдером Джиллсом. Теперь трём Райдерам придётся сражаться с Неизвестными и друг с другом, чтобы разгадать великое множество загадок - кто направляет Неизвестных, что скрывает память Шоичи, откуда взялась их сила.

Это история о 10-летнем мальчике Кадзео, чей отец погиб во время археологической экспедиции, целью которой было найти некий объект, материализующий мысли людей. Днём Кадзео постоянно обижали одноклассники, а ночью его мучили странные кошмары. Но всё таинственным образом изменилось в тот день, когда в небе над Токио появился невероятного вида странный летающий объект...