Отец Марка — художник, мать — парикмахер. Его отец итальянского происхождения, а у матери канадские и итальянские корни. Кроме Марка в семье было трое детей. Детство Руффало прошло в Висконсине, а позднее — в Сан-Диего. Окончив школу, Марк учился в Консерватории Стеллы Адлер в Лос-Анджелесе. Девять лет проработал в театре, известность пришла к нему в 2000 г. после роли в фильме «Можешь рассчитывать на меня». В 2002 году Марк готовился к съёмкам в фильме «Знаки», когда у него была диагностирована опухоль головного мозга. В настоящее время, несмотря на осложнения после операции (некоторое время у актёра был паралич лицевого нерва), Марк Руффало здоров и успешно снялся в таких фильмах, как «Соучастник» и «Вечное сияние чистого разума».

В 2011 году был номинирован на премию «Оскар» за Лучшую мужскую роль второго плана в картине «Детки в порядке».


Марк Руффало женат на Санрайз Койни, у него трое детей. Он вегетарианец. Марк не только снимается в кино, но и проявляет живой интерес к политической жизни своей страны, в частности, актер выступал против войны в Ираке.