Отомэ не приняли революцию, предложенную Мию, предпочитая сохранить верность своим мастерам и продолжать служение людям Эрла. И очень скоро их услуги вновь понадобились – к планете устремился крупный астероид. После неудачи передовых технологий Арика - сильнейшая Отомэ всех времен – просто разносит небесный камень ударом в лоб. Все было бы хорошо, но осколок астероида активирует древнюю сущность – врага всего живого на планете. Атакован Галдероб, исчезает Черная Долина, лучшие бойцы обращаются в камень, Арика теряет силу, и на Эрле воцаряется хаос.

По пустыне идёт девочка Арика Юмэмия. С младенчества разлучённая со своими родителями они ничего о них не знает, кроме того, что её мама когда-то была отомэ. И теперь Арика идёт в Уиндблум, где находится единственная в мире школа, обучающая отомэ — Гардеробэ. Она надеется найти какую-либо информацию о своей матери, и, возможно, и самой стать отомэ.

Красавица Май Токиха и её болезненный младший брат Такуми получают приглашение на учёбу в престижную частную школу Фука, причём администрация школы выделяет им стипендию, что очень существенно для небогатой семьи, утратившей мать ещё в раннем возрасте. Плывя на пароме к месту учёбы, Май участвует в спасении едва не утонувшей странной девушки Макото, извлечённой из воды с огромным чёрным мечом. Однако это чуть не стоило жизни ей самой — на судно с целью убить Макото проникает другая странная девушка Нацуки, и в их завязавшемся поединке, в котором обе используют мощные магические силы, паром начинает разваливаться на части. Пытаясь защитить Макото от Нацуки, Май внезапно открывает в себе HiME-способности — столь сильные, что Нацуки приходится ретироваться. Так происходит знакомство Май Токиха с двумя другими девушками-HiME, вместе с которыми ей предстоит защитить учеников Фука от Сирот, таинственных монстров, угрожающих школе. Однако после сокрушительной победы над Сиротами оказалось что приключения только начинаются!