В 17 веке в стране восходящего солнца правит сегунат Токугава, который является ярым противником христианства. По его требованию, наложен запрет на христианское вероисповедание. Стоящие у власти нацелены оградить государство от влияния чуждой религии. Повсеместно устраиваются гонения на японских христиан. Несмотря на это, два священника отправляются странствовать по закрытой для иностранцев Японии, проповедуя христианство, а также в поисках наставника. Монахи наблюдают неисчислимые страдания своих единоверцев и в то же время находят способы тайно проповедовать веру. Пробираясь все дальше в глубь страны, священники пытаются найти ответ на вопрос, который так сильно мучает единомышленников: «Почему Бог молчит, в то время, когда дети страдают и умирают в муках?». Удастся ли героям найти в себе силы не усомниться в собственной вере?