В последней отчаянной попытке остановить катастрофу мирового масштаба генетики осуществляют невероятную операцию по вживлению воспоминаний и умений погибшего оперативника ЦРУ в тело опасного заключенного с надеждой, что тот доведет до конца его прерванную миссию агента.

Он — обычный рабочий, живущий в маленькой квартирке в захудалом районе города будущего где-то в Новой Азии. Хотя собственная жизнь его в целом устраивает, он не может избавиться от чувства, что ему хочется чего-то большего. Потребность в новых будоражащих впечатлениях приводит его в офис компании «Вспомнить всё», имплантирующей в память своих клиентов воспоминания-фантазии, которые они могут получить не рискуя при этом пережить сами события в реальности. Пока герой выбирает, какие именно воспоминания ему приобрести, отряд спецназа штурмует комнату, где он находится, и уже было берет его под арест. К своему собственному удивлению, он молниеносно уничтожает весь отряд при помощи невероятных бойцовских навыков, о владении которыми он и не подозревал…

Главный герой картины - молодой мужчина по имени Джейсон Борн - окончательно запутался в своей жизни. После потери памяти Борн хочет лишь одного - исчезнуть для всех. Путешествуя по различным городам, он пытается по крупицам собрать и восстановить события из своей прежней жизни... но он по-прежнему представляет угрозу для ЦРУ, которое не хочет, чтобы Джейсон Борн вспоминал своё прошлое. Они пойдут на все, чтобы скрыть тайну рождения бывшего секретного агента... и в первую очередь - от него самого.

Итан Хант и Клер, оперативники ЦРУ, оказались в крайне неловком положении после проведения очередной операции - все коллеги были убиты, а их, как оставшихся в живых, сочли предателями. Единственный выход из положения - найти настоящего предателя, предложившего международной мафии дискету со списком тайных агентов ЦРУ. Если дискета попадет к преступникам, то агенты будут казнены, а Ханту и Клер придется всю жизнь провести в бегах...