В недалеком прошлом главарь обезьян Цезарь потерпел крупное поражение от людей. В бою он потерял немало своих приверженцев, и с тех пор его одолевают исключительно мысли о мести и взятии реванша. Цезарь намерен снова собрать армию приматов, чтобы дать отпор своему заклятому врагу – жестокому и безжалостному Полковнику. Но чтобы не повторить ошибку прошлого, вожаку приматов нужно действовать крайне осторожно, аккуратно и разумно, ведь в таком деле любая оплошность может стоить жизни тысячам невинных душ. От исхода этой битвы зависят жизни его соплеменников, да и его трон стоит на кону. Эта схватка решит судьба их планеты и всего рода приматов.

Численность генетически модифицированных обезьян, возглавляемых Цезарем, продолжает увеличиваться, но обезьянам угрожают люди, которым удалось выжить во время ужасной эпидемии десятилетней давности. Поначалу между соперниками устанавливается хрупкий мир, но он оказывается недолговечным. Обезьяны и люди находятся на грани войны, в ходе которой станет понятно, кто из них в будущем станет безраздельно править планетой.

В фармацевтической лаборатории Сан-Франциско ученые, занимающиеся разработкой нового лекарства Альц-112, проводят его испытание на обезьянах. После прекращения эксперимента профессор Родман забирает симпатичного детеныша шимпанзе к себе домой. Малыша называют Цезарем, и с первых дней пребывания в семье он демонстрирует удивительный интеллект. Однако из-за случайной ошибки молодого шимпанзе забирают в питомник, и там возмущенный несправедливостью людей Цезарь поднимает восстание обезьян. Впрочем, обезьянами их назвать уже сложно…

Дарвин, Бластер и Хуарес – не просто морские свинки, они – американские правительственные агенты. Их команда называется «Миссия Дарвина», а руководство страны поручает им выполнение секретных заданий особой важности. К работе спецагентами их подготовил один гениальный ученый, благодаря ему «Миссия Дарвина» обладает не только колоссальными знаниями, но и современным оружием. У каждой свинки в отряде своя специализация: Дарвин – лидер команды, он хорошо разбирается в технике и коммуникациях, Хуарес – очаровательная девушка-свинка – профессионал в боевых искусствах, а Бластер – самый сильный в подразделении. Они получают задание спасти мир от злого тирана, который хочет захватить власть.