2075 год. На Земле заканчивается вода, и группе учёных приходится отправиться на Луну, чтобы забрать важные образцы из заброшенной научной лаборатории.

Экипаж заброшенного космического корабля пробуждается от анабиоза, без воспоминаний о том, кто они и как они поднялись на борт. Сталкиваясь с угрозами на каждом шагу, они должны работать вместе, чтобы выжить. Их путешествие наполнено местью, предательством и скрытыми тайнами.

Эта история возвращает игроков к началу войны между людьми и Ковенантами и подводит к событиям, происходящим в игре Halo 4. В стенах военной академии Космического Командования Объединённых Наций (UNSC) группу курсантов знатного происхождения готовят стать следующим поколением солдат в надвигающейся войне между UNCS и повстанцами на колониальных планетах. Один из кадетов, Томас Ласки, ведет внутреннюю борьбу, преодолевая сомнения по поводу войны и опасения не оправдать высоких ожиданий командования. К тому моменту, как Ласки смирился со своей ролью будущего командира, ужасающее войско альянса Ковенант вторгается на планету и переворачивает привычный мир героя с ног на голову. Вдохновлённый подвигами Мастера Чифа, Ласки должен на собственном опыте узнать, что значит быть героем.