По сюжету действия происходят в 1942 году через несколько месяцев после событий, когда союзникам удалось разгадать код шифровальной машины «Энигма», а на оккупированных территориях развернулась новая волна антинацистского движения. Команде известной субмарины во главе с новым капитаном Клаусом Хоффманом придется пройти через еще более жесткие испытания и военные столкновения.

Сериал о человеческом мужестве, чувстве долга и ответственности. Это история о тех, для кого любовь к России — собственный выбор, веление сердца. Главные герои сериала — члены экипажа опытной подлодки Б-556, «Варшавянка». Что помогает героям «Автономки» с достоинством нести службу и не сдаваться в трудных ситуациях? Верность присяге, воинский долг, честь офицера, нравственная ответственность перед теми, кто погиб, защищая рубежи Родины во время войны.

События этого захватывающего фантастико–приключенческого сериала происходят в недалёком будущем. К середине 21 века человечество окончательно освоит океан и колонизирует его. Даже в самых глубоких океанских впадинах появятся шахты, заводы и предприятия. Для поддержания правопорядка в подводном пространстве будет создана Организация Объединенных Океанов Земли и экспериментальная боевая субмарина «SeaQuest». На её борту находятся ученые, занимающиеся изучением океанского дна и подводных вулканов, а также военные, которые могут оказать помощь в экстремальных ситуациях и дать отпор многочисленным врагам, мечтающим уничтожить «SeaQuest».