Действие происходит в вымышленной столице Мегакэтсити, населяют которую главным образом антропоморфные животные из семейства кошачьих, известные как кэтсы. Ченс Фёрлонг и Джейк Клоуcон — члены военизированной группировки в Мегакэтсити, называемой Энфорсеры. Во время преследования Дарк Кэта, их реактивный самолёт разбился, упав на штаб Энфорсеров. Из-за этого несчастного случая командующий Ферал отстранил их от выполнения служебных обязанностей. Ченс и Джейк должны были работать на свалке военных отходов до возмещения причинённых ими убытков. Используя хлам со свалки, они построили реактивный истребитель Турбокэт и приступили к патрулированию Мегакэтсити уже в качестве Котов быстрого реагирования.

Коты - Самураи это истории о приключениях тройки неразлучных друзей, Спиди, Гуидо и Полли. Во главе с полковником Эл`Данте и их координатором Франсин они защищают Маленький Токио и его жителей от козней Сырной Головы и его приспешников, который насылает роботов чтобы победить и уничтожить котов - самураев, а также захватить власть в свои руки и свергнуть императора Фреда и его дочь, принцессу Вай, которая фактически и управляет Маленьким Токио после того как императору удалили "зуб мудрости" и он сошёл с ума и не говорит ничего кроме своего имени. Но наши храбрые герои не дадут спуску врагу, и всегда защитят город и его жителей от надвигающейся беды и всегда побеждают врагов, чтобы жизнь в Маленьком Токио была спокойной и безопасной. А в свободное от ратных дел время наши друзья работают в пиццерии.