Кейси Боумен, наконец, начал оседлую жизнь. Он в счастливом браке с Намико (которая беременна первенцем), живёт в Японии и преподаёт в додзё Кога. Однажды на Кейси, отправившегося за подарком для жены, нападает пара отморозков. Он не придаёт этому значения, считая всё обычным грабежом. Но когда той же ночью жестоко убивают Намико, мир Кейси рушится на части. Поражённый горем и пылающий жаждой мести, Кейси выслеживает двух бандитов, пытавшихся его ограбить, но те не могут предоставить ему ключи к разгадке убийства его жены. Поэтому Кейси отправляется в Таиланд, в додзё близкого друга. Горе и гнев берут над ним верх, и он «срывается» во время спарринга с учениками. Когда одного из учеников убивают так же, как и Намико, Кейси, наконец, находит улики, которые ему нужны для того, чтобы выследить убийцу своей жены и разгадать тайну, хранящуюся в глубине бирманских джунглей.

Фильм охватывает реальный исторический период Японии с 1595 до 1600 года. Неуловимый ниндзя Исикава Гоэмон пойман и должен быть казнен. И, кажется, на этот раз ему не удастся ускользнуть. Сможет ли он отомстить своему заклятому врагу или его тайному искусству суждено исчезнуть вместе с ним? Мир средневековой Японии полон политических интриг и заговоров, запутанных выдающимися личностями того времени: Иэясу Токугавой, Хидэёси Тоётоми, Митсунари Ишидой, Хаттори Ханзо и другими.

Фильм охватывает исторический период Японии с 1614 по 1615 год. Четвёртая часть фильма повествует о другом ниндзя из клана Ига, Киригакурэ Сайзо. Уже погиб великий Хидэёси Тоётоми от рук бесстрашного Исикавы Гоэмона и власть над страной фактически получил Иэясу Токугава, но... Есть небольшая проблема - сын покойного лорда, Хидэёри, вместе со своей матерью укрепился в Замке Осака и именно он является законным повелителем страны. В этой неравной схватке на стороне Хидэёри выступает Юкимура Санада, которому помогает Сайзо. Какая же тайная причина побудила ниндзя из Ига участвовать в этой войне?

Одержав в 1600 году ключевую победу при Секигахаре, Токугава, фактически ставший единоличным правителем Японии, решает окончательно раздавить клан покойного Тойотоми. Для этого он начинает осаду могучей крепости Осака, где укрывались вдова и сын Хидейоши Тойотоми.

1616 год. После исчезновения Юкимуры Санада, Иэясу приказал убить всех союзников клана Тоётоми. В руинах замка Осака так и не удалось обнаружить тело его врага. Из доклада Ханзо следовало, что трое людей в лодке отправились вниз по реке Адзигава. Двоих из них опознать не удалось, но рулевой был одет в чёрное

1637 - 1651. Киригакурэ Сайзо погиб, пытаясь убить Матсудайра Изонуками, генерала Токугава. Однако перед смертью он оставил клинок, наследие предков клана, своему сыну, Сайске и наказал ему беречь маленькую дочь Юкимуры Санада. По воле жестокой судьбы принцесса Юри оказалась в руках Изонуками, а Сайске, как и его отец, стал ниндзя, проведя 14 лет во Тьме, оттачивая своё смертоносное искусство. И вот, карма вновь соединила дороги старых знакомых

Фильм снова повествует о событиях 1616 года(5 часть), однако сценарий развивается по-иному. Киригакурэ Сайзо присоединился к последним из некогда могущественного клана ниндзя Ига. Вместе они разрабатывают план, целью которого является убийство Токугава Иэясу. Правитель стар, но очень хитёр и коварен - он нанимает клан ниндзя Фума, заклятых врагов клана Ига, чтобы защитить себя. Иэясу 75 лет и он вот-вот умрёт от старости. Если это произойдёт, ниндзя Ига навсегда потеряют свою честь. Время поджимает, а все попытки убийства заканчиваются провалом. Вдобавок ко всему, и в без того малочисленных рядах, завёлся предатель

1570-1573 гг. Касуми Канбэй - ниндзя, который зарабатывает на жизнь себе и своему маленькому сыну Кодзиро, изготавливая и продавая порох. Но есть те, кто хочет прибрать к рукам лёгкие деньги. Однажды в дом Канбэя врываются пятеро убийц. Потеряв двоих, им всё же удаётся расправиться с мастером. А ребёнок становится невольным свидетелем мучительной смерти своего отца. Несколько лет спустя он клянётся отомстить троим оставшимся негодяям, однако силы слишком не равны. Нужно во что бы то ни стало найти величайшего учителя ниндзютсу, по слухам скрывающегося в Кай, провинции Такеда Синген.

Робин собирается жениться на Мэри. У Робина есть некая секретная светокопия, которой хотят завладеть «черные ниндзя», для чего похищают Робина и убивают Мэри. Сестра Мэри, Дженни, усердно тренируется и делает себе татуировку, отчего становится «белой ниндзя». Месть «белой» женщины-ниндзя «черным» ужасна!

Команду ниндзя посылают, чтобы похитить Леди Оичи, жену Сибата Котсуэ, не навредив ей. Они должны пробраться в легендарный Железный Замок в Китаносё и выкрасть её. Но внутри группы возникают разногласия, поскольку они рискуют своими жизнями, чтобы выполнить миссию.

Кристи — сексапильная инструкторша по аэробике. Она убивала мужчин своей сногсшибательной внешностью, пока с ней не произошел странный случай. В идеальное тело Кристи вселился дух идеального убийцы — погибшего ниндзя по имени Ямада. Кристи превращается в настоящую машину для убийств и жестоко, в стиле ниндзя, расправляется с людьми, повинными в смерти Ямады. Остановить инструкторшу, одержимую злым духом, сможет только другой ниндзя.

После апокалипсиса человечество оказалось откинутым во времена средневековья. Кейдж - представитель одного из боевых кланов, враждующих между собой, обвиняется в убийстве Мастера своего клана. Пытаясь спастись и доказать свою невиновность, он с друзьями сбегает. Но тайный коварный враг заманивают их в ловушку, в которой их поджидают полчища зомби.

Лидеры двух враждующих кланов вызывают друг друга на турнир, привлекая своих лучших бойцов кунг-фу. Один из кланов терпит полное поражение. В попытке отомстить лидер побежденного клана использует услуги японских «Ниндзя Пяти Стихий», стили борьбы которого основаны на пяти китайских элементах: золото, дерево, вода, огонь и земля. Ниндзя легко расправляются с лучшими бойцами клана, а затем вторгаются в их имение, истребляя весь клан. Единственный выживший отправляется изучать искусство ниндзя, чтобы потом вернуться и отомстить…