В основе сюжета – три таинственных свитка клана Ягю, которые – только будучи собраны вместе – раскрывают их самые тёмные секреты, могущие вызвать переворот и разные другие бедствия для них самих. В то же самое время зловещий князь Ягю посылает своих собственных сыновей-ниндзя, во главе со старшим сыном – Ягю Дзюбэй, чтобы вернуть похищенные свитки...

Сложное искусство ниндзюцу включает в себя массу знаний. Постигшие это боевое искусство – становятся легендарными воинами ниндзя. Подготовка начинается с детства. Истинный мастер должен добывать и доставлять информацию, безупречно владеть всеми видами оружия и любым предметом как оружием. Обороняться, в том числе и голыми руками. Вершиной мастерства всегда считалось умение внезапно появляться и также внезапно исчезать. Видеть в темноте как кошка, лазить по скалам, ориентироваться в любой местности…

Гайдзин по имени Кейси, постигающий в Японии искусство нинджицу, по просьбе своего сенсея возвращается в Нью-Йорк, чтобы защитить Ёрой Бицу — кованый сундук, в котором хранится оружие последнего ниндзя клана Кога.

Страшная история о копе, который убивает невинного мальчишку, и о последствиях этого убийства...

1582 - 1594 годы. Великий Ода Нобунага практически полностью уничтожил все деревни клана Ига и лишь немногим удалось выжить. Среди них был и Исикава Гоэмон, один из лучших ниндзя того времени. В его жизни появилась жена, маленький сын и совершенно новая спокойная жизнь простого крестьянина. Казалось ничто не предвещало беды, но Карма рано или поздно настигает тех, кто шёл по пути Смерти... В нём узнают бывшего синоби и... происходит трагедия... Он вынужден вновь встать на тропу мести, крови и убийств. И всё снова возвращается на круги своя...

Кейси Боумен, наконец, начал оседлую жизнь. Он в счастливом браке с Намико (которая беременна первенцем), живёт в Японии и преподаёт в додзё Кога. Однажды на Кейси, отправившегося за подарком для жены, нападает пара отморозков. Он не придаёт этому значения, считая всё обычным грабежом. Но когда той же ночью жестоко убивают Намико, мир Кейси рушится на части. Поражённый горем и пылающий жаждой мести, Кейси выслеживает двух бандитов, пытавшихся его ограбить, но те не могут предоставить ему ключи к разгадке убийства его жены. Поэтому Кейси отправляется в Таиланд, в додзё близкого друга. Горе и гнев берут над ним верх, и он «срывается» во время спарринга с учениками. Когда одного из учеников убивают так же, как и Намико, Кейси, наконец, находит улики, которые ему нужны для того, чтобы выследить убийцу своей жены и разгадать тайну, хранящуюся в глубине бирманских джунглей.

Фильм охватывает реальный исторический период Японии с 1595 до 1600 года. Неуловимый ниндзя Исикава Гоэмон пойман и должен быть казнен. И, кажется, на этот раз ему не удастся ускользнуть. Сможет ли он отомстить своему заклятому врагу или его тайному искусству суждено исчезнуть вместе с ним? Мир средневековой Японии полон политических интриг и заговоров, запутанных выдающимися личностями того времени: Иэясу Токугавой, Хидэёси Тоётоми, Митсунари Ишидой, Хаттори Ханзо и другими.

Фильм охватывает исторический период Японии с 1614 по 1615 год. Четвёртая часть фильма повествует о другом ниндзя из клана Ига, Киригакурэ Сайзо. Уже погиб великий Хидэёси Тоётоми от рук бесстрашного Исикавы Гоэмона и власть над страной фактически получил Иэясу Токугава, но... Есть небольшая проблема - сын покойного лорда, Хидэёри, вместе со своей матерью укрепился в Замке Осака и именно он является законным повелителем страны. В этой неравной схватке на стороне Хидэёри выступает Юкимура Санада, которому помогает Сайзо. Какая же тайная причина побудила ниндзя из Ига участвовать в этой войне?

Одержав в 1600 году ключевую победу при Секигахаре, Токугава, фактически ставший единоличным правителем Японии, решает окончательно раздавить клан покойного Тойотоми. Для этого он начинает осаду могучей крепости Осака, где укрывались вдова и сын Хидейоши Тойотоми.

1616 год. После исчезновения Юкимуры Санада, Иэясу приказал убить всех союзников клана Тоётоми. В руинах замка Осака так и не удалось обнаружить тело его врага. Из доклада Ханзо следовало, что трое людей в лодке отправились вниз по реке Адзигава. Двоих из них опознать не удалось, но рулевой был одет в чёрное

1637 - 1651. Киригакурэ Сайзо погиб, пытаясь убить Матсудайра Изонуками, генерала Токугава. Однако перед смертью он оставил клинок, наследие предков клана, своему сыну, Сайске и наказал ему беречь маленькую дочь Юкимуры Санада. По воле жестокой судьбы принцесса Юри оказалась в руках Изонуками, а Сайске, как и его отец, стал ниндзя, проведя 14 лет во Тьме, оттачивая своё смертоносное искусство. И вот, карма вновь соединила дороги старых знакомых

Фильм снова повествует о событиях 1616 года(5 часть), однако сценарий развивается по-иному. Киригакурэ Сайзо присоединился к последним из некогда могущественного клана ниндзя Ига. Вместе они разрабатывают план, целью которого является убийство Токугава Иэясу. Правитель стар, но очень хитёр и коварен - он нанимает клан ниндзя Фума, заклятых врагов клана Ига, чтобы защитить себя. Иэясу 75 лет и он вот-вот умрёт от старости. Если это произойдёт, ниндзя Ига навсегда потеряют свою честь. Время поджимает, а все попытки убийства заканчиваются провалом. Вдобавок ко всему, и в без того малочисленных рядах, завёлся предатель

1570-1573 гг. Касуми Канбэй - ниндзя, который зарабатывает на жизнь себе и своему маленькому сыну Кодзиро, изготавливая и продавая порох. Но есть те, кто хочет прибрать к рукам лёгкие деньги. Однажды в дом Канбэя врываются пятеро убийц. Потеряв двоих, им всё же удаётся расправиться с мастером. А ребёнок становится невольным свидетелем мучительной смерти своего отца. Несколько лет спустя он клянётся отомстить троим оставшимся негодяям, однако силы слишком не равны. Нужно во что бы то ни стало найти величайшего учителя ниндзютсу, по слухам скрывающегося в Кай, провинции Такеда Синген.

Робин собирается жениться на Мэри. У Робина есть некая секретная светокопия, которой хотят завладеть «черные ниндзя», для чего похищают Робина и убивают Мэри. Сестра Мэри, Дженни, усердно тренируется и делает себе татуировку, отчего становится «белой ниндзя». Месть «белой» женщины-ниндзя «черным» ужасна!

Команду ниндзя посылают, чтобы похитить Леди Оичи, жену Сибата Котсуэ, не навредив ей. Они должны пробраться в легендарный Железный Замок в Китаносё и выкрасть её. Но внутри группы возникают разногласия, поскольку они рискуют своими жизнями, чтобы выполнить миссию.