Обманутый Аркеас держит злость на всё человечество и хочет уничтожить весь мир. И как ему противостоять, ведь Аркеас создал этот мир! Выход есть - отправиться в прошлое и переписать историю, тогда Аркеас не будет обманут. Но даже путешествие во времени не сможет уберечь наших героев от трудностей.

Во время путешествия по региону Юнова Эш и его друзья Ирис и Сайлан прибывают в Айндоук-Таун, который расположился у подножия замка Меч Дола. Все три Тренера принимают участие в ежегодном боевом турнире, и Эш побеждает с неожиданной помощью мистического Покемона по имени Виктини. Оказывается, Виктини многое связывает с этим местом.

Было предсказано, что однажды встретятся две силы, повелевающие временем и пространством, которые столкнувшись уничтожат город. Предсказанное время настало, но в схватку сил вмешалась третья.

На ничего не подозревающего Эша с неба обрушивается сомнительное счастье — существо Вулканион, недолюбливающий людей. Они бы и рады разойтись по разным углам, но какая-то сила связала их вместе, и парням приходится налаживать контакт, преодолевать трудности и творить большие дела.

Самым красивым городом на свете считается столица воды, Алтомор. Здесь Эш и Пикачу случайно встречают Покемонов, обладающих таинственными способностями — Латиас и Латиос. Тайно находясь в этом городе, они незримо охраняют сокровище «Каплю сердца». Всемирно известные воры, Анна и Онкли стремятся завладеть этим сокровищем. Они вызывают события благодаря которым весь город может быть разрушен, и в которые оказываются вовлечены Эш и его друзья.

Гиратина – одинокий Покемон, живущий в Параллельном Мире, который существует бок о бок с нашим. Когда Диагла и Палкия тревожат пространство и время, он затягивает Диаглу в свой мир. Они устраивают битву, которую останавливает крохотный Шеймин – Покемон благодарности!

Фокусник и в тоже время учёный - Батлер, пытается воссоздать легендарного, огненного покемона - Граудона. Для создания Граудона, нужно большое количество энергии. Но где её взять? Конечно же из кометы "Миллениум", которая появляется раз в тысячу лет. Но что бы получить энергию из кометы Миллениум, нужен другой легендарный покемон - Джирачи, который будет использован как проводник.

Алмазная страна зависела от камня с соответствующим названием Алмаз Сердца. Принцесса Дианси трепетно наблюдала за ним. Она заметила, что алмаз исчерпал все свои ресурсы и в скором времени распадется. Принцессе придется создать новый алмаз. Но это будет невозможно, потому что из окружающего пространства не удается извлечь энергию. Поданные принцессы поведали ей давнишнюю историю, когда страна также была на грани уничтожения. Но тогда положение спас покемон Зирнис, внешне похожий на красивого оленя с шикарными рогами. Дианси необходимо найти могущественного покемона, который даст ей энергию для создания алмаза. Принцесса готова искать такого покемона. Дианси в пути будут сопровождать Эш и Пикачу. Им предстоит обеспечить защиту принцессе от Ниндзя, выступающих ворами и Мэрилина Флэйма.

Во время поездки на поезде Эш с друзьями замечают незнакомого раненного Покемона. Они хотят ему помочь, но тут на поезд нападает Легендарный Покемон Курем! Эшу и остальным ребятам удаётся увести неизвестного Покемона в безопасное место. Тут-то они и узнают его историю. Мистический Покемон Кельдио старается спасти своих друзей – Мечей Справедливости: Кобалиона, Терракиона и Вирижиона. Ведь они находятся в ледяных лапах Курема. Но Курем не собирается сдаваться просто так. Он умеет менять форму и превращаться из Чёрного Курема в Белого Курема. Похоже, героям будет очень непросто! Сможет ли Кельдио найти в себе силы, чтобы дать отпор этой угрозе?

Знаменитый фестиваль покемонов, посвящённый славному магу древности Аарону, привлекает к себе внимание большого числа участников. И каждый год на этот интереснейший турнир собираются зрители, которые спешат увидеть своих любимцев, поглазеть на «звёзд», поболеть за новичков. Эш и его приятели тоже решили попробовать свои силы в мультфильме «Покемон: Лукарио и тайна Мью». И тут уж они смогут развернуться по полной. С чего же началась история праздника? Что было до его появления?