В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел. Но не все так просто, Кукловод оказывается разумным вирусом, разработанным "коллегами" из Шестого отдела для промышленного шпионажа и т.д., в деле оказывается замешана политика...

Итак, дело происходит в 2027 году, год спустя после завершения «четвёртой неядерной войны». Нью Порт Сити всё ещё не оправился окончательно от последствий боевых действий, но город уже вновь начинают сотрясать взрывы самоходных бомб. Примерно в то же время оказывается застрелен военный офицер, вовлеченный в незаконную торговлю оружием. В ходе расследования всего этого Дайске Арамаки из Отдела общественной безопасности встречает киборга и хакера экстра-класса Мотоко Кусанаги, приписанную к военному 501-ому секретному подразделению. Бато, сотрудник Арамаки и человек с «глазами, которые никогда не спят», подозревает, что именно Кусанаги ответственна за теракты. Тем временем Тогуса, детектив из префектуры Ниихама, одновременно расследует два убийства: в первом случае жертву застрелили, во втором жертва была проституткой. За самой же Мотоко пристально наблюдают глава 501-ого подразделения Куруцу и агенты-киборги.

Главная героиня — императорская наложница, которую никогда не вызывали в спальню императора и которая ведет довольно уникальную жизнь в его покоях. Одни считают эту наложницу старой, другие — юной, потому что она знает, как использовать таинственную магию, которая помогает ей во всем: от поиска потерянных предметов до наложения проклятий. Когда обстоятельства заставляют императора обратиться к ней, их встреча меняет историю...

Когда мир находится на пике индустриальной революции, внезапно появляется чудовище. Его можно победить, только пронзив сердце, скрытое под слоем железа. От одного его укуса люди заражаются и становятся агрессивной нежитью — кабанэ. На дальневосточном острове Хиномото ради защиты от этих монстров люди построили специальные станции, между которыми передвигаются с помощью парового локомотива Хаяджиро. На станции Араганэ живёт Икома, мальчик, который помогал строить локомотив. Чтобы победить монстров, он создал собственное оружие — Цуранукизуцу. Однажды он встречает девушку, Мумэй, освобождённую от обязательной инспекции. Ночью они видят, что Хаяджиро вышел из-под контроля, его персонал стал монстрами, а кабанэ нападают на станцию. Однако именно такой возможности Икома и ждал.

Современное общество во всём полагается на технологии связи, такие как смартфоны и социальные сети. Но что, если нечто зловещее наблюдает за нами через всю эту технику, которую мы принимаем как должное? Что, если некое сверхъестественное зло способно распространяться через интернет?