Робкая девочка Лико приезжает из родных краёв в регион Кэнто, чтобы поступить в Академию Индиго и стать тренером покемонов. Перед отъездом она получает от бабушки кулон, в котором скрыта магическая сила. Вскоре у Лико появляется и первый партнёр — покемон-кот Няходзя.

Сатоси, Пикачу и их друзья приезжают в регион Синно. Они объединяются с могущественным покемоном Аркеусом, чтобы противостоять новой угрозе.

В канун Рождества между покемонами вспыхивает ссора, а позже вся компания встречает настоящего Санту и покемона Стэнтлера.

Красавица Май Токиха и её болезненный младший брат Такуми получают приглашение на учёбу в престижную частную школу Фука, причём администрация школы выделяет им стипендию, что очень существенно для небогатой семьи, утратившей мать ещё в раннем возрасте. Плывя на пароме к месту учёбы, Май участвует в спасении едва не утонувшей странной девушки Макото, извлечённой из воды с огромным чёрным мечом. Однако это чуть не стоило жизни ей самой — на судно с целью убить Макото проникает другая странная девушка Нацуки, и в их завязавшемся поединке, в котором обе используют мощные магические силы, паром начинает разваливаться на части. Пытаясь защитить Макото от Нацуки, Май внезапно открывает в себе HiME-способности — столь сильные, что Нацуки приходится ретироваться. Так происходит знакомство Май Токиха с двумя другими девушками-HiME, вместе с которыми ей предстоит защитить учеников Фука от Сирот, таинственных монстров, угрожающих школе. Однако после сокрушительной победы над Сиротами оказалось что приключения только начинаются!