Действие фильма разворачивается спустя годы после событий «Дружба — это чудо», а в центре внимания Санни Старскаут, изгой и молодая активистка, которая все еще видит надежду в Эквестрии, где на смену учениям Сумеречной Искорки о дружбе и гармонии пришла паранойя и недоверие, и где все три вида пони живут изолированно друг от друга. Однако, когда она встречает потерянного единорога по имени Иззи, эти двое погружаются в приключение, включающее музыкальные номера, теории заговора и самого симпатичного померанца в мире, путешествуя по новым землям, сталкиваясь со своими страхами и превращая врагов в друзей

Скуби-Ду и команда оказываются в городе Нигде (родной город Куража), в центре Канзаса, где происходит "огромное количество загадочных и жутковатых вещей". Ребята объединяются с Куражом - трусливым псом, чтобы раскрыть тайну гигантских монстров-цикад.