Ледниковый период 3: Эра Динозавров рассказывает нам как круто изменилась жизнь всех полюбившихся героев — мамонты Манфред и Элли ожидают появления на свет своего долгожданного первенца и во всю обустраивают для него детскую площадку; саблезубый тигр Диего впадает в депрессию и раздумья относительно того, что стал слишком уж «мягкотелым» в компании своих друзей и намерен покинуть «стадо»; ленивиц Сид, отчаявшись найти подругу жизни, насмотревшись на счастье Манфреда и Элии тоже безумно хочет завести семью, создать собственное маленькое племя и ворует несколько яиц динозвра; Крысобел, который вновь случайным образом стал виной глобальной проблемы, открыв путь в мир динозавров, по прежнему гоняется за своим орехом.

Прошло 15 лет после загадочной глобальной катастрофы, поставившей человечество на грань выживания. Но оставшихся в живых впереди ждут еще более страшные испытания. Землю атакуют «Ангелы», загадочные гигантские существа, появившиеся неизвестно откуда. Единственное оружие на планете, способное им противостоять — роботы серии «Евангелион», созданные при помощи передовых биотехнологий. Правда, сражаться с помощью этих огромных машин способны только те пилоты, которые могут полностью «синхронизировать» себя с роботом и управлять «Евангелионом» как собственным телом. Эти уникальные бойцы обучаются и живут в секретном подземном городе Токио-3, штаб-квартире организации «NERV», возглавляющей защиту Земли от вторжения. Синдзи, Аска и Рей — пилоты, между которыми складываются крайне непростые отношения. Но именно от них зависит судьба планеты и разгадка тайны зловещих «Ангелов».