Сюжет крайне нетипичен для Гандамов кс. потому что первое что бросается в глаза это полное отсутствие школьников и подростков вообще. ДА! Гандам-боев не пригласили! Зато есть противостояние взрослых военных, причем глядя со стороны опять же довольно жуткое. Со стороны федерации "Братство Муа", куча беженцев для которых поле обломков было когда-то домом. С со стороны занявшего Сайд-4 Зеона экспериментальная дивизия "Живые Мертвецы", не сколько боевое подразделение, сколько полигон для изучения возможностей повторного использования в бою покалеченных на войне солдат. И герои тут соответствующие - мрачный безногий "Зик" Дэрил, у которого похоже кроме старого радио в жизни больше ничего не осталось, и со стороны Федерации пилот-ас Ио, сын главы Сайда-4, из которого жизнь выдавила все кроме страсти к пилотированию мобильных костюмов и в чьей постоянной наглости читается только "мне пофиг что будет, чего у меня осталось то?".

Научные достижения позволили человеку досконально изучить генный уровень и научиться его доводить до совершенства. У тех, на ком ставили опыты, появлялись на свет умные дети, обладающие высокими физическими показателями, более сильные, ловкие. Но у других людей они начали вызывать зависть, ведь общество не терпит, когда кто –то отличается от большинства. Между людьми с усовершенствованными генами – Координаторами и Натуралами – обычными людьми, которых генами наделила сама природа, начинается противостояние. Юноша Кира Ямато оказался вовлеченным в эту войну, он пытается спасти себя и своих приятелей, он не занимает ничьей стороны, он намерен помочь выжить тем, кого любит и ценит, и ему все равно будь тот человек Координатор, или же Натурал. Противостояние кажется ему совершенно не нужным, а жертвы бессмысленными, и Кира намерен положить конец этой войне…

В 0079 году княжество Зеон восстает против Земной Федерации, что приводит к войне. Спустя 11 месяцев Федерация захватывает базу Зеон в Восточной Европе, поскольку смешанный батальон движется, чтобы вернуть ее.

U.C. 0096, после инцидента с Ящиком Лапласа , Земная Федерация снова чувствуют угрозу существования технологии Психофрейма . Чтобы разобраться с источником этой угрозы к Астероиду Оси, дрейфующему за пределами Земной Сферы отправляется следственная группа. В группе состоят два гражданских лица: Арлет Альмаж и Дантон Хилег. У обоих за плечами служба в Княжестве Зеон и Нео Зеон, инженером и летчиком - испытателем. Проникнув в глубь Астероида, на базу которая должна быть пустой следователи подвергаются нападению, Арлет и Дантон столкнулись с инцидентом, который никто из них не мог себе вообразить.