Трансформеры 2 месть падших повествуют о дальнейших жизненных приключениях юного Сэма Уитвикки, который за два года до описываемых событий умудрился спасти человечество предотвратив крупномасштабную битву между Автоботами и Десептиконами — враждующими расами военных инопланетных роботов. Однако это грандиозное приключение не сильно изменило жизнь самого Сэма, он так и остался подростком со своими многочисоенными проблемами, главная из которых — это поступление в колледж и перезд в другой город, куда он, к сожалению, не может взять своего верного телохранителя Автобота Бамблби.

Оптимус исчез, отправившись на поиски своих создателей. Люди отчаянно продолжают сражаться за жизни с Трансформерами. Пока люди пытаются уничтожить Трансформеров, над человечеством нависает новая угроза. Угроза, которая может уничтожить людей раз и навсегда. Спастись человечество может только в случае раскрытия тайн жизни Трансформеров на земле. Однако добраться до скрытой истории не так-то просто, учитывая, что эти тайны охраняют лучшие из лучших. Спасать мир придётся разношёрстной компании, среди которой есть и легендарный автобот Бамблби, и профессор Кейд, и английский лорд из Оксфорда.

На далёкой планете Кибертрон существовала цветущая цивилизация разумных роботов Трансформеров, делящихся на солдатов Десептиконов и тружеников Автоботов. Лидер первых властолюбивый Мегатрон развязал войну с мирными соседями, которая, истощив энергоресурсы планеты, поставила цивилизацию Кибертрона на край гибели. В поисках новых источников энергии Автоботы с Оптимусом Праймом во главе направились в космос, но корабль взяли на абордаж враги, и он, потеряв управление, рухнул вместе со всеми на планету Земля. Спустя четыре миллиона лет вулканическая деятельность восполняет энергоресурсы упавшего корабля, и с помощью особых систем роботы восстанавливаются. Возобновившееся противоборство (теперь уже за обильные источники энергии Земли) выходит на новый уровень с появлением гештальтов — роботов-колоссов, образуемых слиянием нескольких Трансформеров и являющихся качественно новыми созданиями, сила которых гораздо выше суммы сил их составляющих. В ответ на десептиконовского Девастатора на мобильной фабрике-крепости «Scramble City» (она же мегагигант Метроплекс) Автоботы разрабатывают своих гештальтов, обладающих особым качеством («scramble power»): когда один робот служит корпусом, другие могут при необходимости наращивать любую из его конечностей. Борьба идёт с переменным успехом...