Отряд специального назначения «Нерпы» направляют в Калининград на засекреченную военную базу, где случилась авиакатастрофа, унёсшая жизни нескольких бойцов местного регионального спецназа. Следственный комитет совместно с ФСБ пытаются выяснить причину произошедшего. «Нерпам» предстоит взять на себя обязанности погибших бойцов и действовать по возможности автономно, чтобы пресечь возможность вмешательства враждебных сил.

Рыцари трёх стихий — они действуют на земле, в воде и воздухе — столкнутся с противниками, которые всеми силами хотят лишить Россию права доступа в Арктику. Арктика. Этот регион будущее человечества: кто станет хозяином арктических запасов пресной воды и энергоносителей, тот и станет хозяином будущего! Зреет международный заговор ряда стран, которые хотят дискредитировать Россию, обвинить в экологических преступлениях в полярной зоне, как, например, в испытании химического и другого оружия, и лишить права доступа в Арктику. Для этого запланирована дерзкая серия диверсий: захват атомного ледокола, подрыв льдины, на которой работает русская научная станция «Северный полюс», минирование и взятие дайверами-диверсантами секретного подводного объекта, атака на танкеры ледового класса и многое другое.

Из северных приграничных регионов Родины отряд «НЕРПЫ» перебрасывается на секретную военную базу, местоположение которой строго засекречено, и каждое задание «НЕРП» – это боевой вылет (выезд) к месту проведения операции в разных уголках нашей страны. «Нерпами» по-прежнему командуют Бизон, Батя и Багира. В составе отряда: Кот, Сармат, Дана, Агата и Опер.

В целях обнаружения и предотвращения случаев возникновения угрозы государственной безопасности, при президенте и правительстве РФ создается контртеррористический центр, в его подчинении находится группа специального назначения Смерч. Группа «Смерч» состоит из семи человек, они подготовлены к действиям в сложнейших ситуациях, в любой среде, в условиях дефицита времени и мощного противодействия. Практически все они (Батя, Багира, Кот, Бизон, Физик, Пригов) – бывшие тайфуновцы из «Морских дьяволов», перешедшие теперь на работу в КТЦ. Все, за исключением Муры, пришедшей работать уже непосредственно в Смерч. Смерч, обладающий всеми новинками вооружений и спецтехники, включает в себя бойцов спецподразделений, ученых, программистов, психологов. Сотрудники МВД, ФСБ и Министерства Обороны обязаны подчиняться указаниям этой группы.

Спецподразделению «Смерч» предстоит найти капсулы с взрывчатым веществом огромной мощности, похищенные с военного склада, пока они не попали на черный рынок.

В центре сюжета находятся бравые ребята, которые входят в состав подвижной группы под секретным наименование «Смерч». Команда специализируется на поиске затерянных государством капиталов и ценностей, а также устранении малейших угроз, ориентированных на дестабилизацию безопасности государства. В структуру спецотряда входят семеро матёрых и прошедших особую подготовку солдат, которые при различных условиях могут выполнить задание любой сложности на пять с плюсом.

«Смерчи» вновь действуют, и вновь – по одному. Новые отдельные фильмы о жизни героев – Бати, Багиры, Кота, Бизона, Физика, Муры и Пригова, в которых каждый отвечает сам за себя – в отпуске, на специальном задании или под прикрытием – словом тогда, когда коллег по Смерчу рядом нет, и надеяться, кроме самих себя, не на кого.

Приключения знаменитых морских дьяволов на НТВ не заканчиваются - каждый из них стал главным героем нового киноцикла, объединенного общим названием «Морские дьяволы. Судьбы». У каждого из легендарной четвёрки - своя судьба.