Бэтмен узнает, что у него есть наследник, подросток сын, тайно посланный террористической группой Лига Убийц.

Конан и компания во время летних каникул отправляются в токийскую телевизионную башню "Небесное дерево", но на их глазах снайпер убивает человека. Неужели это проделки "Организации" или таки просто рядовое дело? Все окончательно запутывается, когда в погоню за преступником включаются Сера Масуми, Окия Субару и ФБР, а преступник продолжает убивать людей, среди которых есть и подозреваемые...

Мультфильм повествует о начале возникновения Лиги справедливости. В Готэм-сити загадочным образом исчезают люди, в этом винят Бэтмена. Люди считают, что он похищает людей и пьет их кровь. Зеленый Фонарь, дабы покарать виновника похищения, направляется в Готем и встречает там Бэтмена, но под личиной летучей мыши оказывается инопланетный высокотехнологичный робот. Фонарь и настоящий Бэтмен объединяются для борьбы с роботом, который заложил какой-то предмет в канализации города. Как выясняется позже эти штуки есть ничто иное как кротовые норы (порталы для перемещения между измерениями) для вторжения.

Лига Справедливости в опасности! Самый опасный враг Лиги, Лекс Лютер, криминальный гений, изобрёл способ манипулировать прошлым и настоящим. Он хочет изменить прошлое и уничтожить Лигу Справедливости ещё на этапе её формирования.

После знакомства с привидениями зубастой пещеры. Кроха находит волка, который был изгнан из своей стаи. После чего собирает все свое мужество в кулак, чтобы помочь ей.

Халк и Железный человек объединили свои невероятные силы во имя борьбы за спасение человечества, а в это время еще один сверхчеловек стал представлять угрозу для Халка, он телепортируется и постоянно получает улучшенную ДНК, что делает его почти неуязвимым. Только вдвоем можно сразить грозного врага.

От производителя В Готэме вручают награду «Гражданин года». Но неожиданно, на вечеринку заявляется Джокер и с ним целая свита злодеев: Загадочник, Женщина-Кошка и Двуликий. Темный рыцарь приходит на помощь, чтобы обуздать этих нежданных гостей. Но не всех преступников видно невооруженным глазом. Леке Лютор пронес на вечеринку Деконструктор — секретное оружие, теперь баланс сил в Готэме может измениться навсегда! С такими противниками Бэтмен и Робин будут долго биться в одиночку. Хорошо, что у них есть Супер-друзья! Присоединяйтесь к борьбе со злом вместе с Суперменом, Чудо-женщиной, Зеленым фонарем и Лигой Справедливости! Они спешат защитить невинных, спасти Готэм-сити и, конечно, не упустят шанс пошутить. Вас ждут абсолютно новые захватывающие моменты, которых не было в видео-игре. Это первый полнометражный фильм про Лего Бэтмена. Кто знает, может, и он не откажется повеселиться!