Эта часть получилась наиболее кровавой и содержит самую откровенную эротическую сцену во всей Мегазоне. Дизайн стал более серьёзным и реалистичным, качество анимации выросло. Сюжет развивается более плавно и интересно. Чувство угрозы, которое возникло по ходу первой части, выливается уже в по-настоящему масштабные события, которые приводят к интересной развязке.

Империя далеков сталкивается с ужасной силой. В результате набега далеков на архив Ислоса они обнаруживают нечто древнее и смертоносное. Вскоре после этого Скаро подвергается нападению, и Императору далеков приходится бежать! Смогут ли далеки победить своих противников и вернуть себе планету, даже с помощью старого врага?

Супер-герой Космический призрак, со своими помощниками Джен и Джейсом оберегают Вселенную от различных монстров и злодеев.

Хрестоматийный школьник-сирота Такуми Цудзуки вместе со сводной старшей сестрой Отомэ живут одни и кое-как управляются с кондитерской «Бродячая кошка». Как и положено, кошек в доме полно, да толку с них мало, а работяге Такуми помогает подруга детства Фумино Сэридзава, очень активная и упрямая особа. Ребята вместе посещают академию Умэномори, где, кроме собственной компании, постоянно пересекаются с местной «принцессой» Тисэ, внучкой директора школы, которая имеет виды на бедного парня, а Фумино считает подругой-соперницей.

Старшеклассник Юта Иридацу испытывает необычный опыт – «астральную проекцию», в том смысле, что его дух отделяется от тела. Он приходит в себя в особняке под названием Кораикан и знакомится с призрачной кошкой Чираноске, которая рассказывает герою, что, чтобы вернуться в тело, ему необходимо отыскать «Священную книгу Кораикана». Обыскивая помещения, Юта натыкается на нижнее бельё проживающих в особняке девушек, и это каким-то образом создаёт огромные неприятности для всей планеты Земля.

С тех пор как умерли родители Хиро, он и его сестра жили отдельно. Но как только сестра получила новую работу смотрителя жуткого старого особняка, она послала Хиро письмо с просьбой приехать и жить вместе с ней. Приехав и никого не встретив в особняке, Хиро отправляется в город, чтобы найти свою сестру. Вместо этого он сталкивается с новой хозяйкой особняка и спасает ее. К сожалению, сей героический поступок плохо отразился на его здоровье, и Хиро умирает. Однако, к счастью или, может, к несчастью, хозяйка особняка оказывается Принцессой Чудовищ и дарует Хиро вторую жизнь, но только при условии, что он станет ее слугой.