Татуировщица Дебора и её друзья должны спасти мир от вторжения неизвестной инопланетной расы, которая порабощает людей через электронные устройства.

Прошло 15 лет после загадочной глобальной катастрофы, поставившей человечество на грань выживания. Но оставшихся в живых впереди ждут еще более страшные испытания. Землю атакуют «Ангелы», загадочные гигантские существа, появившиеся неизвестно откуда. Единственное оружие на планете, способное им противостоять — роботы серии «Евангелион», созданные при помощи передовых биотехнологий. Правда, сражаться с помощью этих огромных машин способны только те пилоты, которые могут полностью «синхронизировать» себя с роботом и управлять «Евангелионом» как собственным телом. Эти уникальные бойцы обучаются и живут в секретном подземном городе Токио-3, штаб-квартире организации «NERV», возглавляющей защиту Земли от вторжения. Синдзи, Аска и Рей — пилоты, между которыми складываются крайне непростые отношения. Но именно от них зависит судьба планеты и разгадка тайны зловещих «Ангелов».

После того как на Землю обрушилась катастрофа, получившее название «Второй удар», большая часть человечества оказалась уничтожена. Долгие годы ушли на то, чтобы восстановить мир после ужасной катастрофы, когда восстановление было практически закончено, на человечество обрушилось новое бедствие – на людей начали нападать невиданные до этого существа, называющие себя Ангелами. Подросток Икари отправляется к своему отцу в город Токио 3, где расположена секретная военная организация. Икари предстоит сыграть важную роль в борьбе человечества и так называемых ангелов.

Отец школьника Цутомы, профессор Хаяси, предупреждает мир об опасности вторжения пришельцев, но ему никто не верит, кроме собственного сына. Чудом пережив покушение инопланетян, ученый понимает, что надеяться не на кого, кроме как на Цутому и его 4 собак, погибших, и восстановленных в виде киборгов.