Герои аниме, пилоты гигантских роботов, смотрят аниме о том как гигантские роботы спасают землю.

В будущем человечество подверглось нападению пришельцев. За счёт использования новейших технологий и огромной армии роботов, интервенты постепенно теснят землян. Через 100 лет после начала войны у людей остаются лишь несколько городов, расположенных глубоко на дне океанов и отрезанных от поверхности. Инопланетяне приостанавливают наступление и копят силы для решающей атаки, дабы окончательно избавить планету от её прежних владельцев. С целью избежать полного истребления внутри одного из человеческих городов людьми в тайне создаётся секретное оружие, призванное защитить всё человечество. Это секретное оружие - отряд из пяти кибернетически изменённых девушек, каждая из которых наделена сверхспособностями. Вооружённые и оснащённые по последнему слову техники "Ангелы" (а именно так называется этот отряд) готовятся дать врагу последний бой.

Фильм представляет собой альтернативную концовку популярного аниме-сериала «Евангелион» 1995 года. Фильм состоит из двух частей, заменяющих 25 и 26 серии оригинального сериала. Раскрывает загадки последних двух эпизодов, а также порождает новые вопросы.

В течение трёх лет Акира жил только ради компьютеров. Когда модель 9821 поступила в продажу, он бежит в магазин, чтобы купить её, но последний компьютер был продан за пять минут до его прихода. Огорчённо идя домой, он встречает человека в переулке, у которого случайно оказался тот самый компьютер. Взволнованный, он покупает его и бежит домой, где обнаруживает, что вместо 9821 он купил 2198 - передовую биомеханическую компьютерную девочку по имени Mimi.

Действие происходит в 2015 году. За 15 лет до этого (13 сентября 2000 года) при таинственных обстоятельствах произошла ужасная катастрофа — всеобщее потепление или Второй Удар (после Первого Удара погибли динозавры). Растаяли льды Антарктиды, погибло три четверти человечества, большая часть суши оказалась под водой. Секретная организация «NERV», действующая под эгидой ООН, создает Токио-3 — огромную военную базу. Задача Токио-3 — защита человечества от начавших появляться на Земле таинственных гигантских Ангелов или Посланников. Единственное оружие, могущее им противостоять — пилотируемые биороботы серии «Евангелион». Однако управлять «Евами» могут только подростки, зачатые после Второго Удара. Первым боевым пилотом «Евы» становится четырнадцатилетний Икари Синдзи, сын руководителя «NERV» Икари Гэндо, — замкнутый и необщительный подросток, тяжело переживающий свое отдаление от отца. Схожими проблемами страдают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники «NERV», от которых их высокое начальство скрывает истинный смысл проекта — наступление окончательного Конца Света…

В постапокалиптическом ХХI веке демоны, монстры и прочая нечисть рыскают повсюду. Брата и сестру Какуго (Kakugo) и Харара (Harara) специально готовили к тому, чтобы сражаться с этими тварями: они обладают огромной силой и необыкновенными боевыми навыками, а защищают их особые доспехи Зеро (Zero), созданные из душ погибших воинов. Однако, поддавшись темному влиянию доспехов, Харара решила уничтожить человечество, и теперь только Какуго может ее остановить.