Действие в картине происходит в разгаре 70-х годов. Брюс Уэйн тренируется боевым искусствам под руководством сенсея. Герой вместе с единомышленниками постигают «супергеройское» ремесло и воюют против таинственного культа Кобры.

Слэйд Уилсон переживает непростое время. Десять лет назад ему и его семье угрожала серьёзная опасность, тогда Детстроук сумел разобраться, но теперь эти проблемы возвращаются. Слэйду и его семье снова угрожают Шакал и террористы группировки У. Л. Е. Й.

Рубен Брандт – талантливый психоаналитик, а еще он человек тонкой душевной организации, тяготеющий к эстетике. Каждый день он занимается лечением закоренелых преступников, но по ночам ему мучают жуткие кошмары. Почему-то его преследует идея о том, что избавиться от кошмаров получится только если он выкрадет 13 знаменитых полотен из лучших музеев мира. Но как это сделать, ведь они надежно охраняются? И вот Рубен берет на дело четырех своих пациентов, с помощью которых совершает ограбления Лувра, Эрмитажа, галереи Тейт и музея современного искусства в Нью-Йорке. Так он приобретает славу известнейшего вора в мире, за которым теперь гонятся представители русской и итальянской мафии, полиция и охотники за головами ради огромной награды. Но больше остальных стоит опасаться частного детектива Майка Ковальского, которого наняли страховые компании.

На исследовательскую лабораторию было совершено нападение. Защитник Готэма, просматривая записи камер видеонаблюдения, обратил внимание на стиль боя ниндзя и на то, что таинственные незнакомцы не были похожи на людей. Это означало только одно — в городе объявились новые преступники. В это время на безлюдной улице открылся люк канализации, откуда выглядывали четверо братьев — черепашки-ниндзя. Они прекрасно понимают, что некто будет продолжать воровать экспериментальные технологии для осуществления своего коварного плана. В их руках находится карта, на которой обозначены места возможных будущих ограблений. Теперь их цель — помешать таинственному врагу. Однако они даже не подозревают, с кем им предстоит столкнуться...

Скуби Ду и его друзья отправляются отдохнуть к дальнему родственнику Фреда - Бобби Флэю, который является известнейшим шеф-поваром и как раз собирается открыть новый кулинарный курорт на месте старой таверны, принадлежавшей его предку - шеф-повару Эдварду Дюфле, которого погубил некий Красный Призрак. Спустя два с половиной столетия зловещая легенда вновь напоминает о себе...

В альтернативной истории, в 1889 году, Брюс Уэйн возвращается в Готэм из своего путешествия по Европе. Город викторианской эпохи всё так же привлекает преступников. Череда загадочных и зверских убийств заставляет жителей подозревать, что убийца — Бэтмен. Тёмному Рыцарю бросает вызов самый известный маньяк XIX века — Джек-потрошитель.

Бэтмен объединяется с бандой Скуби Ду, когда злодеи из обоих миров, задумали нанести ущерб городу.