«Дети шпионов: критическая миссия» - это ответвление от оригинальной сюжетной линии серии фильмов, представленное в формате мультипликации. Мультсериал о подготовке детей в шпионской академии. Главные герои - мальчишки и девчонки, которые мечтают защищать мир от злодеев. Последние же всегда стремятся использовать самые смертоносные виды вооружения, чтобы нанести вред простым жителям Земли. Взрослые шпионы бессильны перед мегазлым антагонистом. Теперь слово за детьми!

Простодушный и наивный новобранец Хисонэ Амакасу прибывает на базу ВВС сил самообороны Японии. Девушка вступила в ряды ВВС, чтобы держаться на расстоянии от окружающих, ведь всю свою жизнь она умудрялась даже совсем невинными словами обижать и причинять боль близким ей людям. Это решение Хисонэ стало судьбоносным и привело к встрече с драконом типа «OTF», который может превращаться в боевой истребитель. Дракон, сокрытый на базе, выбрал Амакасу своим пилотом, кардинально изменив её судьбу. Легенды гласят, что у драконов есть ключ к будущему мира... Вместе с Хисонэ и другими драго-пилотами нам предстоит выяснить, правда ли это!

Частная военная организация «Мифрил» стремится устранить мировой терроризм и остальные угрозы мирной жизни на Земле. Организации помогают «виспарды» — люди со сверхъестественными способностями. Соскэ Сагара солдат, работающий на «Мифрил». Он получил миссию по защите Канамэ Чидори. Девушка одна из «виспардов». Однако всё не так просто, ведь Соскэ совершенно не знаком с жизнью обычного школьника, ибо с детства принимал участие в военных действиях. И кто знает, что для него будет сложнее — выполнение своего задания или жизнь обычного человека? Прямое продолжение основного сюжета сериала.