Годы спустя после происшествий в первом фильме, местоположение Савы загадка. В это время, слухи о новом убийце распространяются по городу. Они зовут её "Ангелом Смерти", бесчувственный наёмник уничтожающий свои цели с элегантностью и точностью, оставляющую только букет перьев в качестве своей карточки. Что публика не знает, так это то, что этот безжалостный убийца в действительности вежливая молодая леди по имени Монака. Как и её духовный предшественник, Монака потеряла большую часть своей семьи, и отцовская работа астронавта держит её практически отчуждым от мира. Как бы-то ни было, они очень близки несмотря на расстояние и Орудо пообещал своей дочке, что он вернётся. До этого времени, дневная жизнь робкой и неуклюжей Монаки втягивает большую часть её школы и её временной работы официанткой, но её натура абсолютно меняется, когда она получает заказ.

История разворачивается в древней Японии. Группа войнов под предводительством старого алхимика прибыли в страну Восходящего Солнца из далекой Поднебесной для демонстрации новинок вооружения. Однако это только для прикрытия: они добывают ингредиенты для напитка бессмертия, предназначенного китайскому императору. Последней составляющей является дитя, рождающееся раз в сто лет - храбрый мальчик-сирота, который спешит со своим верным псом через всю страну укрыться в одном из монастырей. На своем пути мальчик встречает храброго безымянного путника, владеющего искусством поединка, и предлагает ему быть сопровождающим в этом непростом пути...

Первый раз Миёри приехала к бабушке и деду крошечным ребенком. Во время пикника в лесу малышка уползла от родителей и повстречалась с лесными духами. Ребенок мог видеть всех обитателей леса, и обрадованные духи провозгласили Миёри своей будущей хранительницей и защитницей. Однако то обстоятельство, что малютка чуть не потерялась в чаще, до того перепугало ее родителей, что следующие десять лет Миёри безвылазно жила в Токио.Как знать, вернулась бы Хранительница Леса обратно в лес, если б ее отец с матерью не надумали развестись. Девочку пришлось отправить в деревню, как бабушке и дедушке. И вот Миёри снова в тех местах, которые должна защищать – но сейчас ей самой нужна помощь и защита: от разочарования, от обиды, от нелюбви. Итак, Миёри поможет лесу, а лес поможет ей!

Япония давно уже лидирует в области робототехники, вкладывая в эту отрасль большие капиталы. Фильм предлагает заглянуть в будущее и показать, что из этого выйдет. События разворачиваются в 2077 году. К этому времени Япония уже вышла из ООН, так как этой организацией была принята резолюция, запрещающая развитие роботов с целью обезопасить человечество от возможной катастрофы. Япония ограждает себя магнитным полем, не желая вмешательства в свои дела со стороны. Теперь никто толком и не знает, какого уровня достигла Япония в своих исследованиях.

Было предсказано, что однажды встретятся две силы, повелевающие временем и пространством, которые столкнувшись уничтожат город. Предсказанное время настало, но в схватку сил вмешалась третья.